Gianni Infantino s'est imposé devant son rival Sheikh Salman bin Ebrahim al-Khalifa qui était pourtant favori.
Ce dernier a récolté 88 voix.
Prince Ali bin al-Hussein s'est placé troisième avec 4 voix tandis que Jerome Champagne n'a obtenu aucun vote.
Le seul candidat africain Tokyo Sexwale s'est retiré juste avant le début du vote du congrès à Zurich.
C'est la première fois que l'élection du président de la FIFA atteint le second tour depuis 1974.
Gianni Infantino succède à Sepp Blatter qui a démissionné l'an dernier après avoir été à la tête de l'organisation depuis 1998.
Le nouveau président de l'instance dirigeante du football mondial a promis de restaurer l'image et le respect de la FIFA.
"Je veux travailler avec vous tous ensemble pour restaurer et reconstruire une nouvelle ère pour la FIFA où le football sera de nouveau au centre des préoccupations".