Pour converger les forces afin de repousser l’avancée djihadiste, une nouvelle structure de commandement sera installée à Niamey (Niger) à proximité du poste de commandement du fuseau centre de la force conjointe du G5 Sahel.
L'objectif est de renforcer la coordination entre la chaîne de commandement de la force Barkhane et celle des forces partenaires intervenant dans la zone des trois frontières où sévit l'État Islamique au Grand Sahara. L’opération Barkhane et la force du G5 sahel vont mutualiser leurs forces dans la lutte contre le terrorisme. S’il ne s’agit pas de fusion entre elles, la hiérarchie militaire française précise que cette structure sera composée d’officiers des armées locales mais aussi d’officiers de Barkhane.
Selon le colonel Frédéric Barbry, porte-parole de l’état-major des armées françaises, cette nouvelle réorganisation permettra une meilleure coordination et synchronisera les actions au plus près du théâtre d’opérations. « Il n'y a pas de fusion dans les différentes chaînes de commandement : on reste bien sur une opération Barkhane, on reste bien sur la force conjointe du G5 Sahel. En revanche, il y a un besoin accru de coordination. Et c'est la création de cette cellule qui va permettre d'accroître la réactivité, en cas d'attaques notamment ; qui va permettre d'accroitre le partage d'informations qui devraient autoriser une meilleure efficacité sur le terrain, notamment dans la région des trois frontières contre l'État islamique au Grand Sahara », a-t-il précisé.
Cette nouvelle structure fait également partie des retombées du sommet de Pau en France. A l’issue de ce sommet, la France a déployé deux cent-vingt soldats dans la zone des trois frontières et après cinq cents autres. Les pays du sahel font face aux multiples attaques des groupes armés actifs dans la région.